certbot과 git충돌 질문자 입니다.

안녕하세요. certbot 실행 이후 git clone이 되지 않아 질문을 남겼었던 질문자입니다!
당시 얼추 인도해주신 솔루션이 인스턴스 설정 초기화 후 새로 설치 였던터라 시간이 걸릴것으로 예상이 되어서 우선순위를 좀 뒤로 미루고, 다른 일들을 하다가 오느라 이제야 다시 질문의 일로 돌아왔습니다.
그런데 이제와 생각해보니 certbot 과 git의 충돌이 유력한 원인이라면... certbot을 재설치? 재실행? 하면 되지 않을까 싶어서 인터넷에 검색을 해봤는데 자동갱신에 관한 글뿐이 없더군요.. 해서 혹시 certbot을 날렸다가 다시 설치하거나 certbot의 설정파일들이 임시로 작동하지 않도록 하는 방법이 있을까요?

만약 임시 비활성화가 가능하다면 그 사이에 git clone을 진행하고, 다시 활성화 하면 될것 같아서.. 혹시 아시는 방법이 있으실지 여쭤봅니다