입사 후에는 해당하는 기업에 부여받은 이메일주소로 새로 계정을 만들어서 쓰는건가요?

새로 입사하셨군요. 축하 드립니다. ^^

회사마다 다를수 있겠지만 입사하면 보통 회사 업무용 email 계정을 부여받게 됩니다.

그리고 그 계정으로 사내 시스템(erp, 그룹웨어등)과 jira 나 confluence 같은 협업 시스템을 동시에 사용할 수 있도록 할 겁니다.

아마 별도로 jira 를 가입했으면 개인 계정일테니 그 계정을 사용하지 않고 위에 언급한 회사 계정을 받고 사용할 듯 합니다.