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Jetpack Navigation으로 Bottom Navigation을 제어할 때 setupWithNavController를 사용했는데요, 공식 홈페이지 https://developer.android.com/guide/navigation/navigation-ui#bottom_navigation 의 설명에 따르면 setupWithNavController는 메뉴 사이를 이동할 때 각 상태를 backstack https://medium.com/androiddevelopers/multiple-back-stacks-b714d974f134 이라는 곳에 저장하고 다시 복원하는 동작을 하게 되어 있습니다.

그러니까 SearchFragment에서 BookFragment를 띄운 상태에서 다른 프래그먼트로 갔다가 다시 SearchFragment로 돌아왔을 때 SearchFragment가 아닌 BookFragment가 뜨는 것은 Jetpack Navigation의 정상적인 동작인 것입니다. 아이콘이 전환되지 않는 것은 BookFragment에 메뉴가 지정되어 있지 않기 때문에 전환되지 않는 것으로 보여지구요.

최병채 님은 Navigation의 기본적인 동작이 아닌 동작을 하길 원하시는 것이기 때문에 동작을 추가로 커스텀하셔야 합니다. 핵심은 프래그먼트를 전환할 때 위에 쌓인 다른 프래그먼트를 한번에 제거하는 것인데, Navigation의 스펙 https://developer.android.com/codelabs/basic-android-kotlin-training-navigation-backstack#3 상 action 기능으로 프래그먼트를 전환할 때 app:popUpTo와 popUpToInclusive 속성을 이용하면 위에 쌓여있는 프래그먼트를 제거할 수 있습니다.

이걸 Bottom Navigation에 적용하기 위해서는 코드를 다음과 같이 변경하시면 됩니다. setOnItemSelectedListener 내부에서 onNavDestinationSelected로 클릭된 메뉴아이템을 정확히 표시하도록 하고, popBackStack으로 클릭된 아이템을 스택에서 바로 끄집어 내 표시하도록 하는 것입니다.

- binding.bottomNavigationView.setupWithNavController(navController)
 
+ binding.bottomNavigationView.apply {
+     setupWithNavController(navController)
+     setOnItemSelectedListener { item ->
+         NavigationUI.onNavDestinationSelected(item, navController)
+         navController.popBackStack(item.itemId, inclusive = false)
+         true
+     }
}

공식문서를 정독하는 것은 개인적으로는 그리 도움이 된다고 생각하지 않고 필요할 때 필요한 부분만 찾아보시면 될 것 같습니다.
중요한 것은 문제를 잘 분해해서 각각을 해결한 다음에 그걸 다시 조립하는 능력인데요, 그런 능력을 어떻게 배양해야할지? 에 대해서는 저도 잘 설명을 못 드리겠지만 어쨌든 더 많이 시도해보고 더 많이 찾아보는 것이 필요할 것 같습니다.