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아 커스텀 베이스 리파지토리까지 만들어 쓰시는 경우로군요. 이 경우는 좀 더 복잡한데...
https://stackoverflow.com/questions/53083047/replacing-deprecated-querydsljparepository-with-querydsljpapredicateexecutor-fai
여기에 예제 코드가 나와있으니 참고하세요.

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안녕하세요. 답변 감사드립니다.

예제에 있던 MyRepository 를 

@NoRepositoryBean
public interface MyRepository<T, ID extends Serializable> extends JpaRepository<T, ID>, QuerydslPredicateExecutor<T> {
    boolean contains(T entity);
}

위와 같이 바꿨습니다.

그리고 이를 사용하는 SimpleMyRepository 에서 

public class SimpleMyRepository<T, ID extends Serializable> extends SimpleJpaRepository<T, ID> implements MyRepository<T, ID> {

    private EntityManager entityManager;

    public SimpleMyRepository(JpaEntityInformation<T, ?> entityInformation, EntityManager entityManager, EntityManager entityManager1) {
        super(entityInformation, entityManager);
        this.entityManager = entityManager1;
    }

    @Override
    public boolean contains(T entity) {
        return entityManager.contains(entity);
    }
}

위와 같이 바꾸려는데 JpaRepository는 구현체인 SimpleJpaRepository 가 있는 반면,

QuerydslPredicateExecutor 은 구현체가 없어서 

위 함수들을 재정의 해줘야 하는것으로 보입니다.

구현체인 QuerydslJpaPredicateExecutor 를 SimpleMyRepository 에서 상속해야 할 것 같은데

하나만 상속이 되니 어떻게 해야 할지 잘 모르겠습니다. 

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QuerydslPredicateExecutor 이 인터페이스를 JpaRepository를 extends한 인터페이스에 추가로 extends 해주시면 finallAll(Predicate)등, QueryDSL과 연동한 구현체를 제공해 줍니다.

MyRepo extends JpaRpository<E, K>, QuerydslPredicateExecutor<E> 

이런식으로요.