안녕하세요. yang 님

그런 현상이 없어서 저도 정확한 답변을 드리기가 어렵네요 ㅠㅠ

환경 설정이 운영체제 버전, atom 버전, python 버전, 패키지 버전에 따라서 유동적으로 변하고 있어서요.

다만, 그 증상을 해결했다는 링크를 찾아서 올려드릴께요.

두번째 답변자인 

https://discuss.atom.io/t/unable-to-open-atom-from-the-command-line-without-executing-install-shell-commands-each-time-i-open-oh-my-zsh/36302