네트워크 입출력이 아닌 파일입출력에서의 직렬화

그렇다면 엔진같은곳에서 저장하는 프리팹, 씬 등의 정보도 직렬화 시켜서 저장하는게 더 효과적인가요?

물론입니다.
그런데 프리팹, 씬 정보 등은 이미 유니티에서
나름대로의 방식으로 직렬화 시켜서 저장을 해주니
그걸 또 처리해줄 필요는 없고, 그렇게 해서도 안됩니다.
단순한 바이너리 형태로 직렬화하면,
여러 사람이 작업해서 충돌이 날 때 처리가 굉장히 어려워지기 때문에
조금 비효율적이라 하더라도 xml이나 기타 문법으로 저장을 하고
이런건 각 엔진에서 자체 포맷을 만들어서 관리를 하고 있겠죠.

프리팹, 씬 정보 등이 아니라 학원에서 본인이 작업한 게임 세이브 파일을 저장한다면,
자유롭게 만들어도 되겠지만 사실 네트워크 통신할 때처럼
아주 미세한 용량이라도 아껴야 하는 극한의 상황은 드물기 때문에
대충 json으로 serialize해서 저장해도 무방합니다.
(물론 롤 리플레이처럼 데이터 용량이 아주 커진다면,
현재 네트워크 패킷 직렬화처럼 여러가지 효율적인 방식을 찾거나
자체 포맷을 만들어야겠죠)